Según los expertos, Empedrado ha estado habitado desde unos 4.000 años a.C. por los Picunches y posteriormente los Incas.
En el año 1754, llegaron a la zona los Jesuítas para evangelizar, estableciéndose en Longaví.
En primer poblado existente fue San José de Cuyuname, fundado el 2 de enero de 1782. La excesiva distancia territorial, motivó a los residentes de Rinconada y Empedrado a solicitar al Obispo de Concepción la instalación de una vice parroquia, para lo cual Agustín Quintana, inspector de Junquillar, ofreció un terreno para su edificación. El 20 de febrero de 1835, ocurrió un gran terremoto en la zona central del país que destruyó San José de Cuyuname, lo que permitió la edificación de una iglesia como vice parroquia, cuyo Decreto dice: “En Cuyuname a 24 de febrero de 1835, se concede a Agustín Quintana la licencia para edificar esta iglesia en el lugar llamado Empedrado”.
Don Agustín Quintana inició la construcción del templo y donó sitios a quienes se interesaron por avecindarse en el nuevo pueblo.
El 30 de octubre de 1874, se concedió a Empedrado el título de Villa y el 22 de diciembre de 1891 fue creada la municipalidad.